Organisasi siswa di SMK adalah Organisasi Siswa Intra Sekolah (OSIS). OSIS merupakan organisasi resmi yang diakui oleh Kementerian Pendidikan, Kebudayaan, Riset, dan Teknologi Republik Indonesia.
OSIS di SMK memiliki peran untuk: Menggerakkan siswa untuk aktif berkontribusi di sekolah, Meningkatkan generasi penerus yang beriman dan bertakwa, Membangun landasan kepribadian yang kuat, Meningkatkan pengetahuan dan keterampilan, Meningkatkan kesehatan jasmani dan rohani. dibawah OSIS SMK Negeri 1 Magelang memiliki anak organisasi diantaranya Pramuka, Pasukan Inti PASKIBRA, Kerohanian Islam, Kerohanian Kristen Katolik, Green School, Pecinta Alam, Broadcasting, PMR, Robotika yang bisa diikuti oleh siswa untuk pengembangan karakter dan keorganisasian