SMK Neeri 1 Magelang memiliki laboratorium untuk setiap jurusan. Sehingga memudahkan siswa untuk mendapatkan pengalaman yang terbaik dalam belajar. Laboratorium Komputer dan IPAS juga dideain sedemikian rupa untuk melengkapi dan memfailitasi siswa. Selain itu setiap laboratorium dipegang oleh penanggung jawab lab, yang bertugas untuk memastikan peralatan lab dan kegiatan lab berjalan dengan baik dan lancar.